休日労働にも関わらず所定不足時間が集計されてしまう

A.
「所定時間」と「所定内労働時間」のご設定に誤りがある可能性がございます。

前提：休日労働は「法定外休日労働時間」もしくは「法定休日労働時間」を「含める」と設定することで集計される

勤務区分の「法定外休日労働時間」「法定休日労働時間」の設定箇所にて「含める」としている場合、当該勤務区分を利用した日の勤務時間は全て休日労働として集計されます。
「法定休日労働時間」：「含める」
「法定外休日労働時間」：「含める」
休日出勤となる日が「法定休日」「法定外休日」のどちらにあたるのかによっていずれか一方のみ「含める」としてください。
Q. 休日労働がうまく集計されない
「法定外休日労働時間」として集計された勤務時間は全て「残業時間」「残業時間：36」として集計され、「法定休日労働時間」として集計された勤務時間は全て「残業時間」として集計されることとなります。休日労働の任意の時間分のみ「残業時間」「残業時間：36」として集計することはできません。
Q. 日次勤怠に表示する各項目の集計ロジックは？

休日労働なのに所定不足時間が発生してしまう場合

所定不足時間として集計されないようにご設定いただく場合は、以下のようにご修正いただけますと幸いです。

勤務区分の「所定時間」「所定内労働時間」の設定を見直す

勤務区分の「所定時間」の欄に時間が入り、かつ「所定内労働時間」を「通常時間管理」とご設定されている場合、休日労働であっても「所定時間」に満たない勤務時間を所定不足時間として集計されることとなります。
例：「法定外休日労働時間」を集計する勤務区分で「所定時間：8時間」「所定内労働時間：通常時間管理」と設定されている
当該勤務区分がセットされた日に9:00〜14:00で5時間の休日勤務が行われた　→3時間の所定不足時間が集計される

所定不足時間の集計に影響しているのは「所定時間」と「所定内労働時間」の設定箇所です。
「所定時間」に入力されている数字を「0:00」に変更する、または、「所定内労働時間」を「含めない」を設定変更いただくことで「所定不足時間」が集計されないこととなります。

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