休憩時間が自動追加されてしまいます。シンプルに休憩開始終了時刻も打刻したいです。

A.
以下2点をご確認ください。

①休憩時間の自動追加を利用している場合

システム管理＞勤怠設定＞打刻画面設定＞休憩時間の自動追加
上記が「利用する」になっている場合は、「利用しない」に変更してください。

②休憩１の設定をしている場合

休憩時間が自動的に追加された日の「勤務区分」の設定を確認してください。
システム管理＞勤怠設定＞該当の勤務区分の編集画面へ遷移し、
休憩1や休憩2の「日次勤怠にて時間の初期表示をする」にチェックが入っている場合は、すべて「しない」にチェックをいれてください。

●変更内容の反映について
月の途中で勤務区分の設定を変更した場合は、翌月度より変更した設定が反映されます。
ただし、変更前の時点で翌月や翌々月など未来の日次勤怠を生成していた場合は、翌月度や翌々月度にも反映がされません。
Q. 日次勤怠の生成とは？生成されるタイミングは？
未来の日次勤怠を生成していないかを確認したい場合は、以下の記事をご参照ください。
Q. 未来の日次勤怠を生成していないかチェックしたい
変更内容を即時反映したい場合は、社員＞対象の社員名クリック＞日次勤怠データ生成＞（期間設定）＞データ生成、を行うと変更が反映されますが、データ生成を行う場合は、期間設定した期間の打刻データ及び、入力した勤務時間の履歴がすべてリセットされてしまうのでご注意ください。
月中でデータの再生成を行う場合は、必ず、一度データをCSV出力よりダウンロードしたうえで、行うよう案内をお願いします。
▼参考▼
勤怠管理ハーモス勤怠 の使い方「勤務区分の設定を変更したが、日次勤怠に反映されない？」
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