午後有給を2回取ると、有給取得は合計1日になりますが出勤日に変化がありません

A.
勤務区分の設定に誤りがある可能性がございます。
午後有給休暇の勤務区分設定で出勤日数が「1」になっていないかどうかをご確認ください。1になっている場合、午後有給休暇だとしても1日出勤していたものとして集計されますので（会社の集計ルールに応じて）0.5に変更をしてください。