年間360時間で、月によって働く時間が異なる変形労働時間制はどのように設定すればいいですか？

A.
28日ー160.0時間、29日ー165.42時間、30日ー171.24時間、31日ー177.06時間のように暦日によって労働時間が異なる場合は、記事の「運用2.法定労働時間超の場合に残業代を支払う運用」を元に設定することをおすすめいたします。
個人ごと・月ごとなどで、働く時間が全く異なるのであれば、フレックス（コア無）で設定をしたほうがよいかと思います。総労働時間などはレポートで確認しつつ、月締め後はデータをダウンロードし、給与計算に使える形に加工してください。