社員ごとに異なる時間数で契約していますが、指定の時間を超えたらアラートを出すというような個別の設定はできますか？

A.
個別でアラートを出すことは可能です。
まずは[システム管理>システム設定]にて、「システム管理メニュー」項目の「勤怠アラート」にチェックを入れてください。

次に[システム管理>勤怠アラート]より、出したい「時間」のアラートのパターンを設定します。

[システム管理>社員]より、該当社員の編集画面から「アラート」項目でアラートを出したい項目にチェックを入れます。