打刻しても日次勤怠画面の「実働時間」などの計算がされません。

A.計算は全て出勤時間・退勤時間で計算されます。
打刻時間での計算を行いたい場合は、勤怠管理 > システム管理 > 勤怠設定 > 打刻・端数処理 > 打刻画面 > 打刻の反映「出勤・退勤時刻に反映」にチェックを入れてください。